Η Βασιλική Η. Σταθοκώστα γεννήθηκε στη Λαμία και αποφοίτησε από το Α΄ Γενικό Λύκειο Λαμίας. Σπούδασε Θεολογία στο Τμήμα Θεολογίας της Θεολογικής Σχολής του Α.Π.Θ.

Πραγματοποίησε μεταπτυχιακές σπουδές: α) στη Θεολογική Σχολή Α.Π.Θ., στη Συμβολική με σύμβουλο καθηγητή τον Ν. Ματσούκα, β) στο Οικουμενικό Ινστιτούτο του Bossey/Θεολογική Σχολή της Γενεύης (Γενεύη/Ελβετία), αποκτώντας και τον σχετικό τίτλο σπουδών (Οκτώβριος 1993 – Μάρτιος 1994) και γ) στη Θεολογική Σχολή του Πανεπιστημίου του Fribourg/Ελβετία, υπό την επιστημονική καθοδήγηση του δομινικανού καθηγητή της Συστηματικής Θεολογίας π. Liam Walsh, συμμετέχοντας στα μαθήματα Δογματικής, Ιστορίας, Ιεραποστολικής και Οικουμενικής Κίνησης (Οκτώβριος 1994 – Δεκέμβριο 1995).

Υπήρξε υπότροφος: α) της έδρας της “Μόνιμης Αντιπροσωπείας του Οικουμενικού Πατριαρχείου παρά τω Παγκοσμίω Συμβουλίω των Εκκλησιών” (Γενεύη/Ελβετία) και το “Παγκόσμιο Συμβούλιο των Εκκλησιών” (Π.Σ.Ε.) (Σεπτ. 1993 – Φεβρ. 1994), β) της Επιτροπής “Ecumenical Theological Education” (Οικουμενική Θεολογική Εκπαίδευση) του Π.Σ.Ε. (ακαδημαϊκό έτος 1994-1995) και γ) της Επιτροπής “Comite Catholique pour la Collaboration Culturelle” του Conseil Pontifical pour la promotion de l’ Unite des Chretiens της Ρωμαιοκαθολικής Εκκλησίας για μεταπτυχιακές σπουδές και έρευνα στη Θεολογική Σχολή του Freiburg/Ελβετία και δ) του Ιδρύματος Κρατικών Υποτροφιών (Ι.Κ.Υ.) για την εκπόνηση μεταδιδακτορικής έρευνας (2002-2003).

Τον Δεκέμβριο του 1999 ολοκλήρωσε τη διδακτορική διατριβή της με θέμα: “Σχέσεις της Εκκλησίας της Ελλάδος με το Παγκόσμιο Συμβούλιο των Εκκλησιών, 1948-1961. Με βάση το αρχειακό υλικό του Π.Σ.Ε.”, και τον Απρίλιο του 2000 ανακηρύχθηκε διδάκτωρ Θεολογίας με τον βαθμό «Άριστα».